Омский государственный театр куклы возник в апреле 1936 года. В июле того же года энтузиасты сыграли под открытым небом «Каштанку» А.П.Чехова. На тот момент театра как такового еще не существовало, репетиции проходили в подвальных мастерских Омского драмтеатра. Куклы были привезены из московского театра имени Образцова.
В годы Великой Отечественной войны театр продолжал работать, его репертуар на тот момент насчитывал около десяти спектаклей, в их разработке помогали артисты омского Драматического театра.
В 1947 году в театр приходит художник Федорович, она создала большое количество кукол, макетов, декораций поставила десятки спектаклей. Художник проработала в театре около тридцати лет, создав около трех тысяч предметов своими руками, изготовленные ею грибы, цветы, хлеб были настолько реалистичны, что их было трудно отличить от настоящих.
В 1954 году театр получает свое первое помещение, оно располагается на улице Чкалова. Через четыре года театр переезжает на проспект Карла Маркса. После переезда театра в новое здание возможности для постановок расширились, зрительская аудитория в разы увеличилась. Стоит отметить архитектурное устройство здания: двери театра украшены резьбой по дереву, на них были вырезаны сказочные дворцы и деревья. Несколько позже у входа появится огромный трон из черного металла, зрители в шутку называли его «кукольным богом».
В 1972 году осуществляется первая постановка с планшетными куклами(актера не скрывает ширма, зритель видит всю его работу), первый спектакль с применением такой техники был поставлен в 1972 году и назывался «Волк в сапогах». А в 1995 году вышел первый теневой спектакль по мотивам рассказа Константина Паустовского «Теплый хлеб».
В 90-х годах в репертуаре театра появляются спектакли для взрослого зрителя «Синяя борода» и «Еврейское счастье».
30 августа 1995 года Омский областной театр кукол был переименован в Омский государственный театр куклы, актера, маски «Арлекин».
1996 год принес театру всероссийское признание. Труппа получила «Золотую маску» за моноспектакль «Сказка о царе Ироде, или Вертепщик». Национальной театральной премии спектакль был удостоен в номинациях «Лучший спектакль театра кукол» и «Лучший художник театра кукол». Художником постановки была Ольга Веревкина.
В 2000 году был поставлен спектакль «Первая сказка детства», который был удостоен Гран-при Регионального фестиваля театров кукол Сибири.
30 декабря 2005 года прошло открытие нового здания театра, расположенного рядом с цирком. В 2009 году на площади у театра была поставлена трехметровая скульптура сидящего на троне Арлекина, который держит в руках перчаточную куклу Петрушку.
Сейчас при театре существует музей кукол, в нем собрана огромная коллекция. Репертуар театра насчитывает пятьдесят семь спектаклей.
