Кирха (церковь) расположена в историческом центре города на восточной стороне крепостного плаца Омской Крепости, недалеко от берега реки Иртыш. Здание является памятником архитектуры позднего Сибирского барокко. Сочетание архитектурных форм, гибкости, и толстый слой штукатурки придали кирхе яркости и сделали ее одним из лучших памятников архитектуры XVIII века. Проект церкви был утверждён главным командованием Сибирского Войска, возглавляемым генерал-поручиком И. И. Шпрингером. А построена она была уже в 1790—1792 годах при генерале Г. Э. фон Штрандмане.
Первая шведская кирха в Омской крепости была возведена вскоре после ее основания. В связи с отъездом военнопленных на родину, после заключения Ништадтского мира в 1721 году кирху упразднили. В ее здании разместилась канцелярия крепости. Строительство в середине XVIII в. Пресногорьковской и Колывано-Воскресенской оборонительных линий привело к увеличению числа военнослужащих-лютеран, что создало предпосылки для возникновения лютеранских приходов в гарнизонах. Командир Сибирского корпуса генерал-лейтенант И.И. фон Шпрингер пригласил на службу в Омскую крепость уроженца Данцига, учителя лютеранской школы в Москве, кандидата богословия Иоганна Даниеля Гутмахера, который прослужил в крепости до 1769 года.
В 1861 году в городе проживало 89 лютеран. В 1868 году Император утвердил положение Военного Совета oб упразднении должности Первого дивизионного лютеранского проповедника, а его обязанности возложил на Тобольского губернского проповедника.
В 1889 г. Главный штаб возбудил вопрос об упразднении в Сибирском военном округе должностей лютеранского дивизионного проповедника и кистера в виду малочисленности лютеран-военнослужащих. Через два года, решением МВД, должности лютеранского проповедника и его кистера, причисленных к штабу Омского военного округа, были упразднены.
При поддержке Вспомогательной кассы в 1896 году стало возможным содержать, вместо одного, двух пасторов, поэтому были объединены приходы Тобольск и Рыжково с местом пребывания пастора в Тобольске, а Омск – с колониями на реке Оми – с местом пастора в Омске. В 1898–1899 годы в Омске уже была церковная школа, учитель находился на содержании Вспомогательной кассы лютеран.
С 1920 года здание кирхи было муниципализировано. 28 сентября 1921 года евангелическо-лютеранская церковь вместе с имуществом была передана в аренду общине верующих, состоявшей из 45 человек. По официальным данным за 1927–28 годы в общине было 87 (56) прихожан.
В начале 1930-х годов кирху закрыли. Здание использовали как склад. Башенка на крыше была разобрана.
В 1972 году здание кирхи реконструировано и соединено пристройкой с Домом культуры им. Ф.Э. Дзержинского. С 1977 года в ней находился музей Управления внутренних дел по Омской области. Здание было взято на государственный учет как памятник архитектуры.
Прихожанами храма были многие выдающиеся государственные и местные деятели. Например, генерал-губернатор Западной Сибири Густав Христианович Гасфорд (1794–1874) – герой войны 1812 года, участник военных кампаний на Кавказе, в Польше и Австро-Венгрии.
В данное время в общине трудятся два пастора — Александр Шайерманн и Ральф Мэннл и три проповедника — Александер Винтер, Андрей Бехтгольд и Александр Боргерт. Община насчитывает около 500 прихожан. Богослужения проводятся в воскресенье на двух языках (немецком и русском).
