Деревянная Ильинская церковь в 1730-1760-ые годы стояла у дороги на Чернолучье между Омской и Курганской слободами на правом берегу реки Оми, там, где сейчас находится сквер у дома культуры им. Ф.Э. Дзержинского. Еще в момент проектирования новой Омской крепости, в середине XVIII века, предполагалось перенести Ильинскую церковь на левый берег.
Она была поставлена на холме у Спасских ворот старой крепости по инициативе командира Сибирских военных линий генерала И.И. Шпрингере. Освятили церковь 7 июля 1771 года при командующем генерал-майоре Сергее Гавриловиче Станиславском. Деревянная церковь при священнике Якове Седачеве была разобрана и продана, вместе с иконостасом, в село Саргатского районе в марте 1787 года. В тот же год заложена каменная Ильинская церковь на пригорке над левым берегом реки Оми. Священниками был освящен придел во имя святого пророка Илии освятили 8 июля 1789 года. пророк Илия- покровитель земледельцев, поэтому неудивительно, что в омской земледельческой слободе храм был освящен во имя этого святого.
Вероятно, проект был заказан Н.Г. Огаревым столичному мастеру. Омский храм можно отнести к немногочисленному кругу раннеклассицистических двухколоколенных храмов России. Облик храма заслуживает внимания, так как подобного на территории Сибири обнаружить не удалось. Архитектура храма является переходной от барокко к классицизму. Необычно для Сибири объемно-планировочное решение храма. Граненый алтарь примыкал к прямоугольному храму, несущему массивный восьмерик
Восьмигранное (восьмиугольное) в плане сооружение или его часть. барабана, прорезанный арочными окнами и увенчанный куполом напряженного силуэта с луковичной главкой на изящном световом фонарике. Главный – западный фасад был решен в виде портика с лучковым фронтоном, «поддерживаемым» пилястрами, к которому примыкали две квадратные в основании двухъярусные колокольни. Компактность формы и барочная пластика куполов, с изысканными круглыми окнами на главном куполе храма сочеталась со строгим декором стен. Оконные проемы храма были арочными, обрамленными нишами, а на барабане они имели сложные наличники. Углы здания фланкировались пилястрами.
В Пророко-Ильинской церкви хранились особо чтимые прихожанами иконы: Божией Матери Абалацкой, святых великомучеников Параскевы и целителя Пантелеймона. Интересна история передачи в омский храм списка иконы покровительницы Сибири Абалацкой Божией Матери. Одним из важнейших мероприятий Сибирской архиепископии было учреждение престола «Абалакской богоматери» в 1636 г. и написание протодьяконом Матфеем иконы в ее честь. В основе ее образ богоматери Знамение, слева на полях изображение Николая Чудотворца в позе поклонения богоматери, справа — Марии Египетской. Никола на севере был особенно популярен; иконы со святыми на полях также имели особенно широкое распространение в Новгороде и в Устюге Великом. Все это говорит о том, что тобольские духовные власти стремились представить Сибирь наследницей Новгорода». Оружейный мастер И.В. Терновский, живший в Тобольске в середине XIX века ослеп из-за взрыва пороха, прозреть он смог только после молитв его семьи в Абалакском монастыре у чудотворной иконы. Мастер заказал список этой иконы и переезжал с ней из города в город
В течение 1920-х – начале 1930-х годов Ильинский храм был кафедральным собором и оплотом истинного Православия в Омской епархии. В день Крещения Господня 1924 года священники – будущие новомученики Александр Соловьев, Петр Олерский и Василий Инфантьев организовали отдельный от обновленцев крестный ход на воду.
В Советские годы начинается борьба с религией и инакомыслием, борьба протекала в тех же формах, что и в гражданскую войну, но с учетом социалистической законности. Репрессии против духовенства и закрытия храмов проводились со всей видимостью обоснованности этих мероприятий. Участь Ильинского храма была предопределена двумя факторами: во-первых, тем, что община была разрушена процессом 1930 – 1931 годов, во-вторых, его градостроительным значением, так как храм являлся доминантой в самом центре города, неся чуждые социалистической эпохе идеалы. Процесс уничтожения памятника был многоступенчатым. Сначала, на рубеже 1930-ых годов, с колокольни сняли колокола. Затем, община с февраля 1935 года не смогла внести налог за аренду земли и храма, здание начали использовать для хранения зерна.
В 1931 году состоялся громкий процесс над представителями общин Ильинской и Братской церквей. Было арестовано 23 человека по подозрению в создании и участии в контрреволюционной монархической организации, ставившей целью контрреволюционную агитацию и свержение существующего строя. Затем число проходивших по этому делу увеличилось до 49 человек. Решения суда состоялось только 14 марта 1932 года. Шесть человек отправлены в лагеря на три года, ещё шестеро отправлены на три года в ссылку, остальным зачли как наказание более года нахождения в тюрьме под следствием. Как правило, священники из лагерей уже не возвращались. Некоторым из осужденных было 70-80 лет. Пострадали и прихожане храма, в основном, монахини. Среди арестованных были священники: Александр Радонежский, Василий Пляскин, Александр Мирошниченко, Константин Платонов, прошедший жестокий Соловецкий лагерь ссыльный священник Михаил Лебедев. 16 апреля 1931 г. арестовали настоятеля Ильинской церкви Василия Васильевича Федосеева.24 сентября 1931 г. арестовали отца Александра, его осудили на три года лагерей. В тот же день арестована и осуждена сторож Ильинской церкви монахиня Пелагея Онищенко (Анищенко) – ее вина заключалась в том, что она привозила продукты, умирающим от голода ссыльным священникам.
По окончании процесса 31 октября 1935 года вынесено постановление о сносе храма. Церковь была снесена под предлогом увековечивания памяти А.С. Пушкина, памятник которому хотели поставить на Ильинской горке. Торжественная закладка памятника состоялась в присутствии официальных лиц города, выступавшие и трудящиеся, приветствовали товарища Сталина, была установлена гранитная глыба с надписью на медной доске «10 февраля 1937 г. Здесь заложен памятник великому русскому поэту А.С. Пушкину 1799 – 1837».
Позднее установили гипсовый памятник В.И. Ленину, замененный в 1957 году монументом, выполненным скульптором Абдурахмановым. Археологический раскопки показали, что памятник стоит на паперти церкви. В первой половине 1990-ых годов поднимался вопрос о реновации храма, был выполнен эскизный проект, но воссоздание его не состоялось, вследствие протеста граждан с коммунистическими убеждениями и отсутствия финансирования. Сейчас в сквере – за памятником Ленину установлены памятный камень в честь посещения Омска Патриархом и Ильинская часовня. Митрополит Омский и Тарский ежедневно служит молебен и совершает Крестный Ход вокруг часовни, в котором православные молятся о воссоздании Ильинского храма-мученика.
